Oorspronkelijk is deze molen al vóór 1550 in Gent gebouwd als Rode Roemolen. Hardnekkige geruchten willen, dat deze molen ooit diende als oliemolen. Uitvoerig onderzoek, zowel vóór als na de overplaatsing, heeft dit evenwel niet aangetoond.
Johannes van Dijke liet eind 1857 De Hoed door H.J. Vlaeminck, gepatenteerd molenmaker en timmerman te Kapellebrug, naar Kruiningen verplaatsen. Voor de som van 5800 gulden kreeg hij tevens een nieuw woonhuis en stal. Aan te nemen is dat de molen in 1858 op zijn nieuwe plaats maalvaardig was. Na Johannes van Dijke maalden zijn zoon Nicolaas François en als laatste Cornelis Johannes 'Kees' van Dijke tot 1945 voor boeren en bakkers.
Na 1945 raakte de molen in verval. In 1951 brak bij een storm de houten binnenroede (die daarop werd verwijderd). Bij de watersnoodramp van 1953 moesten inderhaast aangebrachte zandzakken voorkomen dat de molen door de sterke stroming van de teerlingen spoelde.
In 1963 werd de inmiddels zeer vervallen molen ingrijpend hersteld, maar helaas ging dit niet erg nauwkeurig: aan de voorzijde maakten de houten schaliën plaats voor een beplanking in visgraatvorm, de daklijn werd gewijzigd, een ijzeren hoepelvang nam de plaats van de Vlaamse vang in, beide builen werden verwijderd en er sneuvelden nog andere details. Wél was de molen na jaren van verval weer maalvaardig en maalde zo nu en dan veevoeder.
Na het overlijden van Cees van Dijke (1977) kocht de gemeente de molen. De staat van onderhoud liet op dat moment alweer te wensen over, zo was de standerd kromgetrokken en stond de kast dus behoorlijk uit het lood. In 1985 streek men beide roeden en vervolgens tilde een grote kraan de gehele kast van de standerd en werd deze op de grond gezet.
De toekomst van deze molen leek te Kruiningen onzeker, niet alleen vanwege de slechte staat maar ook omdat inmiddels andere bebouwing op het molenterrein stond.
Dankzij subsidies van Rijk, Provincie, Prins Bernhardfonds, de Zomerzegels, ANWB en enkele particulieren, werd de molen overgedragen aan vereniging De Zeeuwse Molen. Deze nam het initiatief om de molen op 1 april 1989 van Kruiningen naar het vijf kilometer oostelijker gelegen Waarde te verplaatsen. De Hoed kwam aldus vlakbij de plaats terecht waar tot 1935 standerdmolen De Nijverheid stond (die molen verbrandde dat jaar geheel).
Deze verplaatsing ging gepaard met een grondige restauratie, die feitelijk neerkwam op herbouw: zo moesten de standerd en zeer veel constructiedelen van de kast worden vernieuwd. De onnauwkeurigheden uit 1963 werden bij deze gelegenheid zoveel mogelijk ongedaan gemaakt: zo is de oorspronkelijke vorm van de Vlaamse standerdmolen weer hersteld door de voorzijde aan de onderzijde recht uit te voeren en met houten schaliën te dekken. Het aandrijfwerk heeft hier zijn typisch Vlaamse karakter bewaard: om de bovenas zijn twee bovenwielen geklemd die elk afzonderlijk een koppel stenen aandrijven. Vóór 1858, in zijn Belgische periode, had de molen zelfs drie bovenwielen met op elk daarvan een koppel stenen. Het voorste, nu verdwenen, wiel zat met de kammen richting de borst bevestigd. Het koppel dat op dit wiel draaide bevond zich ín de borst, die daartoe was uitgebouwd met een 'buik'. Constructief was dit bepaald geen goed idee; bij de overplaatsing en reconstructie te Waarde zijn om die reden hier weer weegbanden aangebracht. Overigens is het huidige (voorste) bovenwiel (en dus ook vangwiel) niet het originele, maar afkomstig uit de in 1930 onttakelde molen 'De Verwachting' te Tholen-stad (een molen die inmiddels weer geheel maalvaardig is). Van reconstructie van de builen heeft men bij deze grote restauratie af moeten zien, omdat de oude situatie niet goed meer vast te stellen was.
In 1995 werd de molen voor het symbolische bedrag van ƒ 1,-- eigendom van Stichting Molen de Hoed.
In 2003 stonden beide uit 1963 daterende Bremer-roeden op de nominatie voor vervanging. Zij bleken echter nog in dermate goede staat dat dit voor onbepaalde tijd werd uitgesteld.
Anno 2019 moest deze molen hier en daar duidelijk herstel ondergaan, met name zijn delen van de kapbedekking aan vervanging toe. Intussen is deze molen weer geregeld aan het malen en ook wordt er les gegeven aan leerling-vrijwillig molenaars.
