Het bouwjaar van de Wimmenummer molen was lange tijd onbekend. Vanwege het vanouds op de baard aanwezige jaartal werd 1774 verondersteld. In 2005 kwam uit archiefonderzoek hiervoor overtuigend bewijs: deze binnenkruier kwam op 1 mei 1774 in bedrijf, nadat zijn voorganger, een wipmolen, in 1773 door storm was vernield. De archieven van Wimmenum spreken van de vernielde molen en het archief van de Philisteinse polder bevat aantekeningen dat de bemaling tijdelijk werd overgenomen door de molen van die polder.
De door de molen bemaalde polder omvat grotendeels het gebied dat gelegen is tussen de door de Krommedijk begrensde geestgronden en het vroegere onbedijkte Egmonder- en Bergermeer. De bemaling zal hier omstreeks het midden van de 16de eeuw zijn ingevoerd, ongetwijfeld voor of tegelijkertijd met de droogmaking van deze meren omstreeks 1565. Op een van 1574 daterende maar in 1642 vermoedelijk opnieuw bewerkte kaart staat op de plaats van de huidige molen een wipmolentje getekend, in tegenstelling tot de naburige molens die als bovenkruiers zijn aangegeven. Ook uit een onderhoudsrekening van 1722 en een van 1732 daterend kaartje blijkt dat hier toen een wipmolen stond.
De huidige molen was tot 1951 in bedrijf, in dat jaar werd zijn taak overgenomen door een nabij de molen gebouwd elektrisch vijzelgemaaltje. De onbewoond geraakte molen werd in 1953 voor niet-permanente bewoning verhuurd aan P.Th. Zwijnenberg uit Amsterdam. Twee jaar later kocht deze de molen.
Na jaren alleen als weekend- en zomerverblijf te zijn gebruikt, werd de molen in 1967 geheel maalvaardig gerestaureerd. Bij deze gelegenheid kreeg de molen nieuwe roeden.
Sinds die tijd draait deze molen zeer veel maar springt ook geregeld voor de polderbemaling bij. Eric Zwijnenberg, zoon van, is hier sinds jaar en dag actief en stond in 1971 ook aan de basis van het Gilde van Vrijwillige Molenaars.
Op 3 mei 2017 werden twee nieuwe roeden afgeleverd ter vervanging van de inmiddels 50 jaar oude roeden van het fabricaat Burger. Bij de ophekking van de nieuwe roeden is vervolgens zoveel mogelijk hekwerk hergebruikt.
Uit de afmetingen kan worden herleid dat de bovenas niet origineel voor deze molen is gegoten, maar afkomstig moet zijn uit een andere, grotere, molen. Gesuggereerd is wel dat dat de in 1912 gesloopte Alkmaarder molen 'De Wolf' moet zijn geweest.
