De molen werd voor het eerst vermeld in 1249 in een schenkingsoorkonde toen de molen in het bezit kwam van de Norbertijnenabdij te Postel (België). Bijna vijf eeuwen lang bleef deze abdij eigenaar.
Op de verwoesting in 1583 volgde herbouw in 1586/87. De oorspronkelijke dubbele graan- en oliemolen ging vanaf 1622 ook dienst doen als volmolen. In 1621 was namelijk aan Willem Fransens van Flodrop, wonend te Gestel bij Eindhoven, vergunning verleend om zijn watermolen onder Gennep in Aalst uit te breiden met twee bakken om lakens te vollen, aangezien de oliemolen al drie jaar niet gedraaid had wegens misoogst van het zaad. Hij mocht daartoe echter geen derde rad aanbrengen.
Er waren twee raderen (zoals op het schilderij van Vincent van Gogh te zien is). Vanaf de brug gezien draaide links, achter het nog aanwezige rad, een kleiner rad voor de olieslagerij.
Als geen olie geslagen werd, kon een achterste koppel maalstenen via een verschuifbare tussenas door het rad van de oliemolen aangedreven worden. Als wel olie werd geslagen, dan kon óf het ene, óf het andere koppel stenen aangedreven worden door het rad van de korenmolen. Deze optie zou later (zie verderop in deze tekst) zeer relevant blijken.
Let wel: de Gitstappermolen bij Vlodrop heeft waarschijnlijk een overeenkomstige inrichting gehad.
Na verdere aanpassingen in 1715 en 1850, volgde in 1963 een ingrijpende restauratie. Hierbij werden het houten molengebouw en het enkele rad nagenoeg geheel vervangen, wat ook gold voor de gemetselde muur aan de zijde van de weg en het oude beschot. Van vroegere molen resteren voor het merendeel alleen nog de gebinten.
Deze restauratie was zeer dringend nodig: de waterkracht was al tijden niet meer benut en de waterwerken, voor zover nog aanwezig, verkeerden in buitengewoon slechte staat.
Gesteld werd altijd, dat de overbrenging van rad naar stenen sinds 1963 buitengewoon traag gaat. Aan de andere kant stelt men ook wel dat de molen het water relatief weinig kan opstuwen en dat deze situatie al heel lang bestaat. Met een dergelijk klein verval is het dan de vraag of dit rad een snellere overbrengingsverhouding had kunnen trekken.
Overigens was het waterrad vóór 1963 van zeer opmerkelijke constructie: een stalen scheprad, compleet met gietijzeren sintelstukken, afkomstig uit een poldermolen! De schoepen had men, bepaald niet fraai, ter plekke met houten platen verbreed.
Niet bekend is, wanneer dit rad is aangebracht. Vincent van Gogh schilderde de Gennepermolen met twee houten raderen, terwijl op alle historische foto's dit stalen scheprad te zien is. Waarschijnlijk zal het scheprad omstreeks 1900 zijn aangebracht.
Wat de grote restauratie van 1963 heeft overleefd, is de gietijzeren wateras die bij het scheprad hoorde. Dus bevindt zich in deze Brabantse watermolen een onvervalst poldermolen-onderdeel!
Op 11 februari 1998 raakte de molen door brand zwaar beschadigd, herstel volgde evenwel direct. Maalstenen, gaffelrad en luias moesten nieuw, de steenkuip grotendeels. Groter was de schade aan het dak, dat vrijwel geheel moest worden vervangen. Iets eerder was al besloten, de overkapping van het rad te laten vervallen, zodat dat laatste weer te zien zou zijn. Dat heeft men toen versneld uitgevoerd. De oude overkapping heeft men overigens hergebruikt en doet aan de overzijde van de straat dient als entree van de heemtuin.
Op 27 oktober 2002 waaide bij zware storm een boom tegen de molen aan, maar deze veroorzaakte weinig schade.
Begin 2021 kreeg de molen een tweede koppel stenen, waarmee de oude situatie van de korenmolen feitelijk weer is hersteld: twee koppel mét een wervel, die naar keuze kunnen worden ingeschakeld (maar dus nooit tegelijk). Het nieuwe koppel draait bovendien in verhouding iets sneller dan het oudere.
