De kruitmolen lag op een uitgestrekt terrein, vroeger in den Plenkert geheten, waar thans de bierbrouwerij De Leeuw is gevestigd. Hij bestond uit twee molengebouwen, die tegenover elkaar op de molentak lagen. De overige gebouwen, waarin bewerkingen plaatsvonden, en de magazijnen stonden uit veiligheidsoverwegingen verspreid op het terrein. Om het terrein stond een gemetselde muur van mergelblokken; dwars er door liep de molentak van de Geul.
De molen werd in de jaren 1820 en 1821 gebouwd door de molenmeester Jakob Bongaerts uit Grubbenvorst in opdracht van Bertrand Loisel. Op 9 november 1820 ontvingen Loisel en de Gebr. Riffer, buskruitfabrikanten te Altenkirchen in Pruisen bij koninklijk besluit toestemming voor de oprichting van een kruitmolen.
In het begin van de 19e eeuw telde de Noordelijke Nederlanden dertien kruitmolens. Deze stonden voornamelijk ten oosten van Amsterdam en in de omgeving van Middelburg. De Zuidelijke Nederlanden had één kruitmolen, die in Wetteren bij Gent stond. De molen van Houthem was de veertiende. Toen er een paar weg vielen, kreeg hij het nummer elf en heette toen officieel Kkruitmolen no. 11, Prins Frederik der Nederlanden. De molens vervaardigden voornamelijk oorlogskruit en elke molen kreeg doorgaans een evenredig deel van de rijksbestellingen. Een bestelling per molen bedroeg bijvoorbeeld vijftig duizend pond. Het kruit van de molen van Houthem moest in de vesting Maastricht worden afgeleverd, die vroeger over eigen kruitmolens beschikte. Van de veertien kruitmolens was de molen van Houthem de enige, die met waterkracht werkte, de overigen waren rosmolens. In het midden van de 19e eeuw werd in de toen nog bestaande en uitgebreide Kruitmolen no. 2, De Krijgsman bij Muiden de paarden vervangen door een stoommachine van 38 PK. De overige kruitmolens waren in het begin van de jaren 1860 verdwenen. In België kon de Cooppal-buskruitfabriek in Wetteren zich handhaven. Dit bedrijf werd door Jan Frans Cooppal (1724-1804) in 1778 gesticht.
Voor de vervaardiging van kruit werden salpeter, zwavel en houtskool als grondstoffen gebruikt. Voor de levering van oorlogsbuskruit werd de salpeter door het Rijk beschikbaar gesteld.
De houtskool werd ter plaatse gebrand. De branderij lag in Houthem buiten het terrein en was ondergronds uitgevoerd. In een kelder waren afsluitbare ijzeren cilinders gebouwd, die aan de buitenzijde door een vuurhaard werden verhit. Het hout in de afgesloten cilinders kon door het ontbreken van zuurstof uit de lucht niet verbranden en verkoolde. De houtskool moest bij voorkeur uit poreus hout worden gebrand, zoals elze-, wilge- of lindehout.
Voor het malen van de drie bestanddelen en de bewerking tot kruit werd gebruik gemaakt van een kollergang, die wat zijn constructie betreft overeenkwam met een grote kollergang van een oliemolen. Hij bestond uit twee zware ronde Naamse stenen, die met de omtrek over een vlakke ligger van Naamse steen op een gemetseld bed rolden. De astappen van de kantstenen waren gelagerd in een zwaar houten raam op een houten molenspil. Bovenaan de spil bevond zich een kroonwiel voor de aandrijving.
De meeste Nederlandse kruitmolens hadden vier kollergangen in gebruik, waarvan de spillen door paarden in beweging werden gebracht. Volgens dr. G. de Bruyn konden vier kollergangen ongeveer 450 kg. kruit op een zomerdag maken op winterdagen niet meer dan de helft, omdat geen kunstlicht mocht worden gebruikt. Volgens Th. Dorren kon de molen in Houthem in de zomermaanden ruim 200 kg. kruit per dag produceren en in de wintermaanden ongeveer 100 kg. per dag. Ook de Houthemmermolen had vier kollergangen in gebruik, hetgeen van het volgende citaat uit een brief kan worden afgeleid.
In verband met een mogelijke uitsluiting van haar bedrijf voor staatsleveranties, vanwege de woelige tijden in het Hertogdom Limburg, waardoor bepaalde groepen personen zich van de kruitmolen konden meestermaken, schreef de eigenaresse, de weduwe B. Loisel op 22 april 1848 in een brief aan de inspecteur van de buskruitfabrieken dat door het wegvoeren van vier molenspillen de molens onbruikbaar kunnen worden gemaakt enz.
Wat was toen het geval? Als compensatie voor het verlies van enkele in Duitsland gelegen vorstendommen kreeg koning Willem I tijdens het Congres van Weenen in 1815, na de val van Napoleon, het groothertogdom Luxemburg, dat deel uitmaakte van de Duitse Bond. Na de afscheiding van België in 1839 was een deel van dit hertogdom meegegaan. Op aandringen van de bondsvergadering trad Willem I met de Nederlandse provincie Limburg, met uitzondering van de vestingen Maastricht en Venlo, tot de Duitse Bond toe. Aan dit gebied werd de naam hertogdom Limburg gegeven.
In de daarop volgende jaren was een deel van de Limburgse bevolking ontevreden, aangezien de regering weinig voor de provincie deed. In 1848 waren er zelfs groeperingen die een afscheiding van Nederland wilden bewerkstelligen. Als gevolg van de onzekere toestand schijnt een contract voor de levering van vijftigduizend pond buskruit door Houthemmermolen te zijn ingetrokken.
Vermoedelijk stonden in elk molengebouw twee kollergangen opgesteld. De inrichting van de molen op de linkeroever werd aangedreven door een waterrad met een middellijn van 7,40 m. en een breedte van 0,84 m. De molen op de rechteroever had een rad met een middellijn van 6,64 m. en een breedte van 0,84 m. Beide waterraderen waren onderslagraderen.
Na het malen van de drie bestanddelen en het persen van het mengsel werd het kruit in korrelvorm gebracht, geglansd, gedroogd, uitgestoft of gezeefd in het harphuis en tenslotte ingekuipt en opgeslagen in het magazijn.
De meeste bewerkingen vonden in aparte gebouwtjes plaats die, zoals vermeldt, verspreid op het terrein stonden. De schade bij een explosie in een van de gebouwtjes bleef meestal tot dat gebouw beperkt.
Voor het transport van kruit naar de afnemers waren ingrupende maatregelen nodig vanwege de strenge voorschriften waaraan het transport was onderworpen. Voor elk transport, dat meer dan vijftig pond bedroeg was toestemming van de gouverneur van de provincie nodig. Deze bracht alle burgemeesters van de gemeenten die langs de route lagen, op de hoogte. Vond het transport naar België plaats, dan werden ook daar de autoriteiten gewaarschuwd. De garnizoenscommandant van Maastricht kreeg opdracht een aantal militairen beschikbaar te stellen voor de begeleiding. Langs de route moesten in de woningen het vuur en licht gedoofd worden.
De Houthemmermolen was pas in bedrijf toen zich op 7 augustus 1822 een zware ontploffing voordeed, die zelfs in Valkenburg de ruiten vernielde. Drie personen kwamen om het leven. Op 4 juni 1825 vloog de molen opnieuw de lucht in, waarbij één dode viel.
De vervaardiging van kruit ging door tot 1830. Gedurende het Belgische bewind over Limburg, dat negen jaar duurde, lag de molen stil. De voorraden kruit, grondstoffen en de molenspillen waren binnen de vesting Maastricht gebracht die onder bevel van generaal Dibbets stand hield.
Na het verdrag van Londen in 1839, waarbij Limburg onder Nederlands bestuur werd gebracht, kwam de kruitmolen opnieuw in bedrijf en werd de produktie voor rekening van Edmond Loisel zonder verdere ongelukken voortgezet tot 1851. Gedurende die tijd was Louis Quaedvlieg directeur.
Op het einde van de jaren veertig bezat Nederland nog vijf kruitmolens. Daartoe behoorde onder andere de bekende De Oude Molen nabij Ouderkerk aan de Amstel en De Krijgsman bij Muiden, de oudste nog in bedrijf zijnde kruitfabriek in Nederland. Deze molens gingen een verbintenis aan, waardoor zij de kruitfabricage grotendeels in handen kregen. De molen van de weduwe Loisel was daarvan uitgesloten. Uiteindelijk bleef alleen De Krijgsman in bedrijf en werden Molen no. 1 Sollenburg bij Ouderkerk aan de Amstel en Molen no 3 De Oude Molen bedrijfsklaar in reserve gehouden.
In 1851 werd de Houthemmermolen definitief stilgelegd. Voor kleine leveringen aan Belgische steenkoolmijnen in de omgeving van Luik en Seraing, en de Dominiale mijn te Kerkrade kon de molen economisch gezien niet in bedrijf blijven.
In 1875 verkocht Bernard Edmond Loisel het terrein met de vervallen opstallen van de kruitmolen aan de Duitse papierfabrikanten Wilhelm Bauchmüller te Düren en Wilhelm Nagelschmidt te Birkesdorf (D.). Deze fabrikanten lieten er een molen bouwen voor de machinale vervaardiging van papier. De kracht werd geleverd door een waterrad met een middellijn van 5,64 m, een breedte van 2,45 m. en een schoephoogte van 0,48 m, en een stoommachine van 12 PK. De produktie werd, na grote aanloopproblemen vanwege een mogelijke vervuiling van de Geul, in 1884 stopgezet.
De papierfabriek werd openbaar verkocht. In 1886 namen Ludwig Sauerländer, koopman in Aken, Heinrich Dittmann, bierbrouwer in Aken, Georg Dittmann, bierbrouwer in Langenberg en Wilhelm Dittmann, koopman in Langenberg het gebouw met het stuwrecht en het terrein van de bank over. Zij stichtten er in 1887 de Firma Aachener Export Brauerei N.V. gevestigd in Rothe Erde bij Aken, die de rouwerij een jaar later in bedrijf nam. Er werd voornamelijk voor de export gebrouwen, onder andere bestemd voor de toenmalige Nederlandse en Duitse koloniën. De drijfkracht werd geleverd door een waterrad met een middellijn van 6,00 m. en een breedte van 3,25 m.
In 1890 werd een nieuw ijzeren Zuppingerrad gehangen met houten schoepen. Dit rad kreeg dezelfde middellijn als het oude rad, de breedte bedraagt echter 3.00 m. De stalen wateras is gekoppeld met een zware tandwielkast, die met een riem de aandrijving van de hoofdtransmissie-as in de brouwerij verzorgd. Hierop waren de moutmolens, de beslagmachines, waarin het moutbeslag intensief werd geroerd (het wort), de pompen en de ijs- en koelmachines aangesloten.
De gehele installatie werd geleverd door de Maschinenfabrik Geislingen uit Geislingen (D.).
Omstreeks 1890 werden de ijs- en de koelmachine, die onder andere uit een zware liggende en langzaam draaiende ammoniak-compressor bestond, door Linde zodanig verbeterd, dat ze bedrijfszeker en betrouwbaar waren. Vanaf die tijd begonnen ze hun opmars in grote brouwerijen. Door gebruik te maken van een koelmachine was het mogelijk ook 's zomers een lage temperatuur te bereiken, die nodig is voor het ondergistingsbrouwproces, dat de bekende pils oplevert. Deze biersoort begon op het einde van de vorige eeuw de donkere bieren van hoge gisting te verdringen.
De ijsmachine werd gebruikt voor de vervaardiging van blokken of staven ijs, die voor het koelhouden van dranken, consumptie-ijs, levensmiddelen en andere consumptie-artikelen werden gebruikt.
In 1921 werd de bestaande naamloze vennootschap geliquideerd. Er werd een nieuwe N.V. opgericht onder de naam Bierbrouwerij De Leeuw, een variant op de naam Valkenburgsche Leeuwenbrouwerij die in 1890 en enige jaren daarna werd gebezigd.
In de loop der jaren werd de brouwerij gestaag uitgebreid. De molentak werd reeds vroeg grotendeels overkluisd om meer ruimte voor opslag te scheppen. Over de afslagtak van de Geul werd een brug en een weg aangelegd voor een kortere verbinding met de provinciale weg Maastricht-Valkenburg.
In het begin van de jaren zeventig dreigde de waterkracht-installatie verloren te gaan. Ze was onrendabel; de kosten waren hoog en de energie-opbrengst was in verhouding laag. Bovendien zouden de machineruimten van het waterrad, de transmissie en de compressor de uitbreiding van de brouwerij in de weg staan. Dankzij de medewerking van de directie ing. H. Chambille de Beaumont en drs. J.J.M. Janssen is deze voor Nederland unieke installatie op waterkracht behouden gebleven.
Evenwel viel in oktober 2005 het besluit, de productie in België onder te brengen en deze fabriek, en daarmee ook de molen, af te stoten. In 2009 vond dit daadwerkelijk plaats. De watermolen is sindsdien buiten werking en helaas in vlug tempo in verval geraakt.
Begin 2018 heeft men het rad en een groot deel van het gaandewerk verwijderd maar inmiddels bevindt zich hier weer een rad dat sterk lijkt op wat er vroeger was.
