De geschiedenis van deze molen voert ver terug, net als die van de adellijke familie die generaties lang eigenaar was. De oudste vermelding is uit 1442; het huidige gebouw dateert uit ongeveer 1700.
Conflicten over het stuwpeil waren hier vanouds aanwezig: in 1871-'73 werd dit zelfs tot de Hoge Raad uitgevochten. In dit geval verloor de baron. In 1899 kwam de al in verval geraakte molen buiten gebruik, maar in 1905 werd er weer gemalen. Voortdurende problemen rond de watervoorziening maakten de stenen windmolen van Vorden, ook eigendom van de familie Van Westerholt van Hackfort, steeds belangrijker. Vanaf 1905 was de familie Gerritsen pachter van zowel de wind- als de watermolen.
Rond 1930 kwam de watermolen wederom stil te staan. Tijdens de Tweede Wereldoorlog besloot de baron zijn windmolen te herstellen (die stond al geruime tijd stil en was ook deels onttakeld) en deed dat niet veel later ook met zijn watermolen. Molenmaker Gerrit Jan ten Have voerde het werk uit en vereeuwigde de gedachtenis hieraan door op één der armen van het rad, bij de as, letters en jaartal in te kerven: "GtH 1944". De pacht ging evenwel niet naar Gerritsen, maar naar een ander en dat maakte deze molen niet aantrekkelijk meer. Na 1945 werd er maar weinig meer gemalen en in 1952 was het helemaal voorbij.
Deze watermolen staat op het landgoed Hackfort (800 ha), rond het gelijknamige kasteel. Landgoed en kasteel kwamen in 1981, na het overlijden van Johanna Baronesse van Westerholt van Hackfort bij wijze van legaat in handen van de Vereniging tot Behoud van Natuurmonumenten.
De molen verkeerde op dat moment in slechte staat: in 1952 was deze al stilgezet vanwege de toestand van molengebouw en rad.
Nadat de molen in handen van Natuurmonumenten was gekomen, werden de eerste plannen tot herstel gemaakt. Grootste probleem vormde hier de Baakse beek: deze bevatte al geruime tijd te weinig water en had dus te weinig vermogen om de molen nog aan te kunnen drijven.
Vanaf mei 1997 kwam alles (letterlijk en figuurlijk) in een stroomversnelling toen het waterschap Rijn en IJssel ging zorgen voor meer water in de Baakse beek. Eind 1997 kreeg de molen een nieuwe stuw. Reeds eerder was, tegelijk met het kasteel, het molengebouw opgeknapt en in het voorjaar van 1998 plaatste men een nieuw waterrad.
Op 26 juni 1998 werd de molen officieel in werking gesteld. Sindsdien wordt er regelmatig op vrijwillige basis graan voor veevoer gemalen. Het waterrad heeft daarnaast een nevenfunctie als waterkrachtcentrale van de energiemaatschappij NUON. Er is hier zelfs sprake van een derde functie: bij bijzondere gelegenheden wordt buiten de molen een zaagraam opgesteld, dat met een lange riem via een draaiende as bovenin de molen kan worden aangedreven.
