Het oorspronkelijke bouwjaar van deze molen is vooralsnog niet uit archiefstukken te achterhalen; de oudste vermelding is 1609, maar die ging over een al bestaande molen, ofwel: al vóór 1609 stond er een molen op deze plaats. Vrijwel zeker is dat ook een wipmolen geweest.
Deze molen heeft zich zeer lang in de belangstelling van het polderbestuur mogen verheugen, want pas in 1986 werd hij buiten gebruik gesteld. Hij was op dat moment al veertien jaar eigendom van de SIMAV. De eveneens nog bestaande Bonkmolen van dezelfde polder was daarentegen toen al vele jaren buiten bedrijf.
Op 13 december 1980 brak tijdens het malen de buitenroede. Deze was in 1928 gestoken en afkomstig van de in dat jaar gesloopte wipmolen van de polder Bolgarijen. De vallende roede vernielde ook de makelaar op de kap. Besloten werd, ook de uit 1875 daterende Pot-binnenroede te vervangen en twee nieuwe gelaste exemplaren te bestellen.
Tot 1 november 1997 ging alles weer goed, maar op die datum werd de Vlietmolen slachtoffer van brand, gevolg van een slecht trekkend rookkanaal. De bewoners ontsnapten op tijd, maar de schade aan de molen was groot: luttele dagen na de brand heeft men de molen onttakeld.
Een grote restauratie werd gestart in 2001; in 2002 werd de geheel herstelde molen feestelijk in gebruik genomen. De overbrenging is bij deze gelegenheid gewijzigd: het vroegere bovenschijfloop had 30 staven, het huidige 35. De verhouding tussen wiekenkruis en scheprad is aldus verlangzaamd van 2,09 tot 2,29 op 1.
Begin juni 2021 vond opmerkelijk herstel plaats: ter bestrijding van de bonte knaagkever heeft men de molen, zoals dat eerder onder meer in Usselo gebeurde, vrijwel compleet in een grote geelgroene 'jas' gehuld en daarna uitgegast. De molenaar moest voor enige dagen een ander verblijf zoeken!
In mei 2022 heeft men het scheprad en de waterlopen drooggezet, omdat de frontmuur van de achterwaterloop steeds erger begon te scheuren en er al jaren veel grond verdween bij de sprenkelstraat en bij de vleugelmuur van de achterwaterloop. Onnodig te zeggen dat de molen ook onderloops was.
Na het verwijderen van heel wat modder en slib bleken de houten vloer en kespen gebroken: dat was de oorzaak van de verzakking van de toog. Men ontdekte al gravend nog iets bijzonders: op de normale eiken kespen en planken bleken dennen balken met daarop weer planken van naaldhout aangebracht, een dubbele vloer dus. 'En passant' kwamen er in de modder vele oude scherven en andere voorwerpen naar boven.
Een raming van wat het (ongetwijfeld behoorlijk ingrijpende) herstel moet gaan kosten wordt binnenkort verwacht. Ondertussen kan de molen wel draaien (en heeft dat in 2022 ook zeer zeker gedaan!).
Typisch voor de molens hier in de buurt is dat de schuine gedeelte boven deuren en ramen met zinken dakjes zijn afgewerkt en niet zo als gebruikelijker het riet doorgelegd.
Ongebruikelijk voor een wipmolen is hier de kruilier.
