De molen bemaalde de Kalkpolder. De huidige molen dateert van 1684 en was de derde molen van deze toen nog geen 50 jaar oude polder. In 1666 had men een nieuwe molen gebouwd, omdat de in 1636 bij de stichting gebouwde wipmolen structureel te klein was gebleken. Niet duidelijk is vooralsnog, waarom de uit 1666 daterende molen na 18 jaar alweer moest worden vervangen, maar het moet haast wel zware storm- of brandschade zijn geweest.
Deze (derde) Kalkmolen deed zijn werk vervolgens bijna drie eeuwen zonder veel problemen en bleef tot 1959 in bedrijf. In dat jaar nam een elektrisch gemaal de bemaling over. De gemeente Leiderdorp kocht vervolgens de molen voor een symbolisch bedrag aan en zorgde ook voor het onderhoud.
Op 1 juli 1972 werd de polder opgeheven, maar op dat moment was het bemalingsgebied al grotendeels verdwenen door woningbouw, een waterzuiveringsinstallatie en een jachthaven (die weer was ontstaan na zandwinning).
Omdat aan alle (bouw)plannen nog lang geen einde was gekomen (zo stond de verbreding van de autosnelweg A4 vrijwel vast), was de omgeving van deze molen anno 2004 sterk onder druk komen te staan. Besloten werd, elders in Leiderdorp een plaats te vinden.
Op 9 februari 2006 werd de molen op zijn oude plaats in delen afgebroken en per schuit naar de werkplaats van de fa. Verbij vervoerd. Daar moest de molen, die op zich in zeer behoorlijke staat verkeerde, als het ware wachten op een andere omgeving en betere toekomst.
In september 2008 verschenen berichten dat de molen niet in Leiderdorp zou worden herplaatst, maar in de nabijgelegen gemeente Jacobswoude. Het idee was om samen met de Doesmolen (die door diverse peilverlagingen al jaren onvoldoende water had) een getrapte bemaling gaan vormen voor de Doespolder.
Dit werd werkelijkheid. In oktober 2009 kwam de nieuwe fundering, op korte afstand van de Doesmolen, gereed. Op 15 december 2009 werd de Kalkmolen in de Doespolder geplaatst, 23 maart 2010 stak Verbij de nieuwe roeden. Zeer opmerkelijk is, dat het bovenhuis van deze molen na de overplaatsing ineens rood was geverfd. Dat was, bij deze vanouds groen geverfde molen, 'even wennen'.
De Kalkmolen fungeert tegenwoordig dus als ondermolen voor de Doesmolen. Echter: de Kalkmolen hoeft het water duidelijk minder hoog op te voeren terwijl ook het scheprad smaller is dan dat van de Does (en de molen dus makkelijker draait). Zou de Kalkmolen flink doormalen, dan wordt de tasting van het scheprad van de Doesmolen veel te groot en zal, ook vanwege de grotere opvoerhoogte, deze molen niet of zeer moeilijk uit kunnen malen. Daarin is voorzien door een overstort op de tussenboezem, die ook nog in te stellen is. De Kalkmolen kan dus ook alleen (en dan in circuit) malen en heeft altijd voldoende water.
Een opmerkelijk detail (maar heel correct naar oude foto's): de leuning van de trap naar het bovenhuis zit links en niet rechts!
