In 1610 kregen Willem Hermansz Alen en Jan Dircksz toestemming voor het oprichten van deze molen om "allerhande geweer tot de oorlog dienende" te slijpen.
De weduwe van Cornelis Jansz Sprokkel, molenaar en halve eigenaar van de nabijgelegen korenmolen De Sprokkel (Tenbruggencatenummer 11172), verkocht de slijpmolen in 1641 aan Nicolaas Nelman.
Na de verkoop aan Goudriaan Nelman in 1643 werd de molen omgebouwd tot korenmolen, en vanwege de windvang verhoogd. Verder omtimmerde Nelman de voet, maakte een trap en een luik zodat hij binnendoor naar de maalvloer kon komen en plaatste bovendien onderin een derde koppel stenen. Hiermee leek de molen meer op een wipmolen, zoals ook blijkt uit de afbeelding van Saftleven. In oktober 1663 verbood de vroedschap het gebruik van het luik en het derde koppel vanwege klachten van de andere molenaars over oneerlijke concurrentie.
Na Nelmans overlijden zetten zijn zoon en dochter het bedrijf voort. Daarna kwam hij in gebruik bij Teunis Bruynisz van Cleef en Govert Hendricksz van Stockings, die graag weer met drie koppel wilden gaan malen. Vanwege de problemen met de in 1674 omgewaaide korenmolens werd hun dit toegestaan, evenals op alle andere molens.
In 1689 werd de molen voor het eerst De Lelie genoemd, toen bovengenoemde Hendricksz en de nieuwe echtgenoot van de weduwe van Van Cleef de molen overnamen. Na wat financiële transacties kwam de molen in 1727 in bezit van Hendrik Verhaegen.
Het laatste bericht over De Lelie dateert uit 1743, toen het grondrecht werd afgekocht. Op de TMK van ca. 1850 komt hij niet voor.
Bron: Zes eeuwen molens in Utrecht, W.A.G. Perks. Met dank aan H. v.d. Kaay.
Een afbeelding van De Lelie staat ook bij De Sprokkel, Tenbruggencatenummer 11172. Die prent is wel een 18e eeuwse kopie van een 17e eeuwse prent dus de beeldinformatie is minder betrouwbaar.