Vanaf 1830 stond ter plaatse een achtkante met rietgedekte molen die in 1926 grotendeels werd gesloopt en vervangen werd door een dieselgemaal in de molenstomp.

In 1934 besloot het polderbestuur dit gemaal, vanwege herhaald slecht functioneren, weer te vervangen door een windmolen. De huidige stenen molen werd naar ontwerp en onder advies van A.J. Dekker gebouwd door molenmakerij Verbij uit Hoogmade. Kaponderdelen, as en roeden kwamen van de achtkante molen van de Noordeind- en Geerpolder bij Langeraar. Bij oplevering werd deze molen uiteraard voorzien van het wieksysteem Dekker.
Opmerkelijk is de kapbedekking van koperen platen; dit omdat de aannemer in 1934 tegelijk bezig was met de kerktoren van Hoogmade en daar de nodige platen overhield.

Malen met de nieuwe Veendermolen was overigens geen eenvoudige zaak: de bovenas vertoonde al spoedig scheuren, waardoor deze snel warm liep. Vier uur draaien betekende: vier uur stilstaan om de as laten afkoelen!
Om deze reden werd in 1944 bij de Grofsmederij te Leiden een nieuwe bovenas besteld. Veel te malen viel er in 1944 overigens niet: aan het einde van de Tweede Wereldoorlog was de Veenderpolder, met meerdere polders in de buurt, zoals de Googerpolder, op last van de Duitse bezetter een tijdlang geïnundeerd en mocht er absoluut niet worden gemalen. 
Na de bevrijding heeft, toen een aangekochte zandzuiger van ƒ 20.000,--(!) dit werk niet aankon, de molen zijn eigen polder drooggemalen. Molenaar Kraan ontving hiervoor, na enig aandringen, een extra vergoeding van ƒ 250,--. 

Na 1945 werd de buitenroede voorzien van het systeem Havinga (ook wel bekend als de "Prinsenmolenwiek"). Dit voldeed niet echt: de molen werd er erg hollerig van. In 1956 of '57 zijn beide roeden voorzien van fokken.

In 1967 besloot de polder over te gaan op elektrische bemaling: Leen van den Berg, molenaar sinds 1949, kreeg ontslag en de molenvijzel werd uitsluitend nog elektrisch aangedreven.

Tijdens de hevige storm van 12/13 november 1972 sloeg de toen al ruim vijf jaar stilstaande molen los en ging, met de vang erop, draaien. Door ingrijpen van enkele molenaars en molenmakers kon brand (en vermoedelijk verwoesting) worden voorkomen. Dit leidde ook tot nieuwe belangstelling voor de molen en niet lang daarna volgde herstel. 
Vanaf 1973 werd weer geregeld gemalen, maar dan op vrijwillige basis. 

Hoofdbemaling
In de 21ste eeuw gebeurde het een aantal keren dat de molen tijdelijk officieel weer hoofdbemaling van de Veenderpolder werd.
Zo moest in april 2006 het elektrisch gemaal van de polder grondig worden nagekeken. Geen probleem: de molen bleek dit werk, bij wijze van vervanging, zeer goed aan te kunnen en een hulp- of noodgemaal was er niet. Het Hoogheemraadschap van Rijnland had goede afspraken met de Rijnlandse Molenstichting gemaakt en Pieter den Haan en een aantal assisterende molenaars stonden achter de molen.
In de eerste helft van 2026 was dit opnieuw, en nu serieuzer, het geval: het gemaal van de polder moest deze keer geheel worden vernieuwd en daar had men enige maanden voor uitgetrokken. Dus werd de Veenderpolder nu zo'n vijf maanden uitsluitend op windkracht bemalen. Pieter den Haan, Teun Waltman, Frans Verra en Pieter Hellinga zorgden daarvoor.