Deze molen werd in 1717/18 gebouwd als opvolger van een wipkorenmolen. Na onderzoek bij de Hoge Raad van Adel bleek dat de molen herbouwd is nadat de voorganger op 1 september 1717 in een zware storm sneuvelde. Tijdens die storm sneuvelden meerdere molens in Zuid-Holland en Zeeland.
De molen moet al in januari 1718 maalvaardig zijn geweest: molenaarster Baartje Pijl kreeg namelijk betaald voor het leveren van tarwe aan de Heinenoordse diaconie.
Arij Cornelisz. Rijshouwer werd in 1721 eigenaar, in 1762 opgevolgd door Pieter Vlasbom. Vlasblom was eerder knecht geweest op de molen van Nieuw-Beijerland en trouwde Arij's dochter Marrigje. Pieter Vlasblom overleed in 1798 waarna zijn weduwe het bedrijf totaan haar overlijden (in 1803) leidde, daarna volgde haar zoon Hendrik in het bedrijf.
Hendrik overleed al in 1812. Diens vrouw Maria nam het bedrijf met haar zoon Pieter over maar in 1818 ging dat financieel niet meer: er waren teveel schulden. Vandaar het besluit, de molen te verkopen.
Op 11 juli 1818 werd de molen, toen 100 jaar oud, met huis, schuur, erf, boomgaard en tuin publiekelijk geveild in Goidschalxoord. Koper was Ludovicus Kluit, die de molen aankocht voor zijn broer Kornelis van Driel Kluit. Uiteindelijk werd de molen tot 1920 bemalen door verschillende generaties Kluit.
In juni 1898 werd er een hinderwetvergunning verleend voor een stoommachine die op windstille dagen het binnenwerk van de molen aandreef via een tunnel. Mogelijk ging het hier om een stoom-locomobiel. In 1906 werd er een nieuwe 12 pk. stoommachine aangeschaft bij de "Machinefabriek Delftshaven".
Wanneer deze verdwenen is is niet helemaal duidelijk: bij de verkoop in 1920 wordt de stoommachine niet meer genoemd. Nadat de stoommachine is verdwenen is het drijfwerk behouden gebleven en werd gebruikt om in het motorhuis andere machines, waaronder een koekenbreker, aan te drijven. Ook werd er waarschijnlijk rond de Eerste Wereldoorlog een windaangedreven stofafzuiging aangebracht, een bijzonder stukje molenmakerswerk dat nog steeds in de molen te bewonderen is.
Buitengewoon interessant was dat de familie Kluit hier - waarschijnlijk als eerste in Nederland - kunststenen toepaste. In deze betrekkelijk kleine molen zelfs drie koppel 16ders.
Dat ze aan de molen verknocht waren blijkt uit het volgende: op gezette tijden hadden zij een molenmaker over de vloer, met kost en inwoning. De molen werd dan helemaal nagekeken en waar nodig gerepareerd. Zo was dit heel lang één van Nederlands best onderhouden molens.
Op 18 november 1920 kocht Oelbert Weeda de molen, waarna de familie Kluit naar ''De Hoop'' te Barendrecht vertrok (en later naar Rotterdam, waar zij de bekende molen "De Noord" jarenlang zou gebruiken). Oelbert was geboren in 1875 op de Poldersche Molen in Maasdam. Zijn vader, Aart Weeda, was daar watermolenaar.
In de jaren 50 kwam de molen buiten bedrijf, al liet Oelbert Weeda de molen nog steeds draaien tijdens de Sportfeesten die in het veld tegenover de molen werden gehouden. Oelberts overlijden op 22 februari 1959 betekende voor de molen het voorlopige einde.
Die stilstand betekende tenslotte: intens verval. Het Zuid-Hollands molenboek van 1980 meldde dat de molen "in bijzonder slechte staat" verkeerde en daar was geen woord van gelogen: van binnen was het nog vrijwel compleet, maar door de verwaarlozing stond alles min of meer op instorten.
In 1998 werden de - al jaren kaal staande - roeden doorgeslepen, omdat zij een gevaar gingen vormen voor het verkeer (dat hier vrij dicht langs de molen gaat).
Rond 2003 kwam er eindelijk een doorbraak en leek het mogelijk, deze molen te redden. Toch duurde het nog drie jaar voordat men echt een begin kon maken met conserverende maatregelen: op 7 september 2006 werden bovenas en overblijfselen van de kap verwijderd en opgeborgen in een tentruimte op het molenterrein.
Op 23 mei 2007 droeg de familie Weeda de molen over aan de speciaal opgerichte Stichting Molencomplex Goidschalxoort. Bijzonder belangrijk was dat deze stichting op 31 oktober 2007 de hoofdprijs won in het TV-programma BankGiroLoterij Restauratie. Met het bedrag van € 1.000.000,-- kon de restauratie vrijwel geheel worden gefinancierd.
Om molen en motorhuis weer helemaal te reconstrueren, moesten beide opnieuw worden gefundeerd. De stenen romp hoefde gelukkig niet te worden afgebroken; uiteraard moest er bijzonder veel aan het metselwerk worden hersteld. Ook werd er in het motorhuis een Ruston 6XHR dieselmotor geplaatst die het mechanisme aandrijft dat vroeger door de stoommachine was aangedreven. Deze motor was afkomstig van molen De Graanhalm in Burgh-Haamstede en stond daarvoor in de Achterhoek.
Van de oorspronkelijke inrichting heeft men nog zeer veel opnieuw kunnen gebruiken. Wel zijn spoorwiel en schijfloop van de motoraandrijving vernieuwd. Het spoorwiel, op zich niet eens in heel slechte conditie, was namelijk door het gedeeltelijk instorten van de steenzolder kromgetrokken.
Alles boven de kapzolder, met uitzondering van de bovenas, lagers en 1 kruisarm van het snaarwiel voor de afzuiger, is nieuw. Onder de kapzolder is nog ca. 80% oud materiaal aanwezig. Hier zijn enkel reparatiewerken uitgevoerd. Wel zijn er enkele onderdelen zoals een kaar, kuipdeksels, maalstenen en een maalbak, vernieuwd. Ook treft men weer de oude vloerbalken aan, die oorspronkelijk onderdeel waren van de constructie van de vroegere wipkorenmolen, zoals koker- en torenstijlen.
De restauratie voltrok zich grotendeels in 2009; op Nationale Molendag 2010 werd de molen, toen nog niet maalvaardig, officieel in gebruik genomen. Op 13 februari 2011 werd voor het eerst sinds 58 jaar weer gemalen.
Een aardig detail: de wervels op het gevlucht zitten niet zoals gebruikelijk voorop de voorzoom, maar achterop. Dit zou het gevlucht iets gestroomlijnder maken. Deze constructie is ook te vinden op de Oude Molen te Fijnaart. Inmiddels wordt dit vaker toegepast.
Helaas kreeg ook deze molen te maken met het gedeelde roeden-probleem: vanaf april 2017 werd niet meer gedraaid. Begin februari 2018 zijn beide gedeelde roeden kaalgezet en op 17 mei dat jaar stak men nieuwe roeden, nu uit één stuk. In 2021 werd de inrichting verrijkt met een pletter, afkomstig uit Mol (België). De molen draait en maalt vaak.
Lijst van molenaars:
Baartje Pijl (1718 - 1721)
Arij Cornelisz Rijshouwer 1721 - 1762
Pieter Vlasblom 1762 - 1798
Marrigje Vlasblom-Rijshouwer 1798 - 1803
Hendrik Vlasblom 1803 - 1812
Maria Vlasblom-Besteman 1812 - 1818
Kornelis van Driel Kluit 1818 - 1850
Kornelis Kornelisz Kluit 1840 - 1851
Arie Kornelisz Kluit 1851 - 1890
Pieter Kluit Azn. 18.. - 1895
Arie Kluit Azn. 1895 - 1920
Oelbert Weeda 1920 - 1959
