Uit een document, gedateerd 7 oktober 1476, waarin Karel van Bourgondië toestemming gaf tot het verplaatsen van een sluis, blijkt dat al in dat jaar de polder de Agterpoort werd bemalen door een windmolen. Ook uit een stuk van 3 april 1488 valt op te maken dat er een molen was in polder Den Agterpoort. Catharina van Groningen geeft in haar onvolprezen boek over de Krimpenerwaard aan dat de eerste molen in polder de Agterpoort gebouwd werd omstreeks 1450. Dit stemt overeen met de beschrijving van Den Uyl in zijn boek over de Lopikerwaard uit 1963.
In de archieven duikt de Agterpoortse molen dan pas weer op in 1826. In dat jaar sluit de 'brand-waarborgmaatschappij, enkel voor polder-watermolens' een verzekering voor de molen, waarbij het verzekerd bedrag wordt vastgesteld op f.3.600,-.
Tot het jaar 1874 zijn verder geen gegevens over de Agterpoortse molen bekend. Vast staat wel dat in 1874 een windwatermolen in de gelijknamige polder afbrandde. Of dit de molen was die in daar 1692 nieuw werd gebouwd, is niet zeker.
Na de brand in 1874, werd de te herbouwen molen direct aanbesteed. In het Streekarchief Krimpenerwaard te Schoonhoven is nog raambiljet van deze aanbesteding aanwezig.
De bouw van een nieuwe Agterpoortse molen werd voor f. 5.300,- gegund aan Pieter van der Leeden, molenmaker en timmerman, wonende te Bergambacht.
Hij werd bij de bouw bijgestaan door de bouwlieden Bastiaan Verhek, wonende te Ammerstol en Adrianus Cornelis Both, wonende te Stolwijk.
Ook het handgeschreven bestek van de bouwopdracht wordt bewaard in het Streekarchief Krimpenerwaard.
De nieuwe -en naar later zal blijken, de laatste- Agterpoortse molen had een vlucht van 17.99 meter, en een scheprad met een middellijn van 3.92 mtr. De breedte van het scheprad was 34 cm.
De nieuwe molen werd tegen brand verzekerd voor een bedrag van f.4.700,-. In de polis wordt de molen omschreven als zijnde met 'een vlucht van 17 meters'.
De molen is afgebroken in 1917 en vervangen door een elektrisch gemaaltje van 3 pk. Dit voldeed echter niet. De bemaling van de polder Agterpoort werd vanaf 1921 overgenomen door molen Vlist-Westzijde. Daartoe werd onder de Bilwijkerweg een duiker gelegd met een diameter van 50 cm.
Deze molen stond in polder Agterpoort, gelegen tussen de Vlist, de Bilwijkerweg, de Bergvliet en het dorp Haastrecht. De polder had een oppervlakte van slechts 45 hectare.
Er werd uitgewaterd op de Vlist.