De Kikkerpolder wordt als waterschap voor het eerst genoemd in 1628 maar is vermoedelijk ouder, want in dat stuk wordt gesproken over een molen uit 1621.

In 1698 werd een nieuwe molen gebouwd, maar deze verbrandde - bijna 50 jaar later - in 1747. Omdat er geen geld was voor een nieuwe molen, werd de polder tijdelijk samengevoegd met de naastgelegen polder Maredijk.
In 1752 had men kennelijk weer genoeg geld voor een eigen molen en toen deze eenmaal gereed was, werd de samenvoeging met de Maredijkerpolder direct beëindigd.
De kleine wipmolen uit 1752 staat er nog steeds, al is er in de afgelopen 250 jaar natuurlijk wel het nodige aan vertimmerd.

Tamelijk onbekend is dat van deze molen laat in 1944 de bovenas brak. Jan de Gelder, die op dat moment volop werk had om allerlei buiten gebruik geraakte kleinere molens weer aan het malen te krijgen, liet een nieuwe houten as zagen op De Herder, min of meer naast de Kikkermolen gelegen. Van De Hoop doet Leven te Rijnsburg was bekend dat deze in die periode eveneens op die manier aan een houten as kwam, maar dit is dus vaker gebeurd. 

Tot 1966 bemaalde deze kleine wipmolen de Kikkerpolder; daarna gebeurde dit alleen nog incidenteel. Zo maalde dit molentje aan het einde van de winter de naastgelegen ijsbaan leeg. 
Draaien was in die tijd al in toenemende mate problematisch omdat deze kleine molen langzamerhand vrijwel ingegroeid raakte. Feitelijk duurt dit tot op heden voort (al is er inmiddels weer het nodige gekapt en gesnoeid). 

In 1996 werd de molen voor het laatst gerestaureerd. Daarbij werden gevlucht, bovenhuis en de houten bovenas vernieuwd. Ook kwam er een geheel nieuw bovenwiel.

Dit fraaie molentje, dat in principe veel water kan geven, draait regelmatig waarbij ook vaak wordt gepoogd, te malen, maar de omgeving is nog altijd sterk verbost (en ook verrommeld).