De Wippersmolen is gebouwd in 1726 om de Sluispolder te bemalen en verving daarbij een wipmolen. De molen bemaalde een polder van iets meer dan 88 hectare.
De molen vertoont (in ieder geval uitwendig) opvallende gelijkenissen met de (in 1963 gesloopte) molen van de Zijdepolder te Leidschendam. Wellicht zijn beide molens door dezelfde molenmaker en/of vanaf hetzelfde bestek gebouwd.

In de vloer van de kapzolder zijn de kokerbalken verwerkt van de wipmolen, de voorganger van de huidige molen; ook vrijwel alle andere vloerbalken zijn 'gebruikt'. De molen heeft vroeger mogelijk een vangtrommel gehad (niet ongebruikelijk in het Westland): er bestaan diverse oude tekeningen met de molen zonder vangstok.
De "molenmeesters" van de Sluispolder traden streng op: zo blijkt uit een brief van 25 september 1829 dat de molenaar werd ontslagen "wegens het niet behoorlijk waarnemen van zijn post". De molenaar moest "binnen den tijd van veertien dagen om een ander heenen komen zien". Dit ontslag werd later ingetrokken vooral met oog op het grote gezin van de molenaar (die sprak van "negen broodelooze kinderen").
Tot 1898 woonden de molenaar en zijn gezin in de molen; in dit jaar werd het huisje naast de molen gebouwd (dat in 1908 werd vergroot, maar desondanks nog steeds erg klein is!).

Opmerkelijk is, dat het molenerf rond 1904 particulier eigendom was; de polder had hierop het recht van opstal. Vanouds was een kring van 375 m. rond de molen beschermd tegen bebouwing en begroeiing, in 1905 echter kreeg de Westlandsche Stoomtramwegmaatschappij van Gedeputeerde Staten toestemming om in de nabijheid van de molen een stoomtrambaan te mogen aanleggen. Het polderbestuur had hier uitdrukkelijke voorwaarden aan verbonden, om de (broodnodige) vrije windvang te garanderen.

De molen had tot 1906 een open houten scheprad met een middellijn van 5.42 m. en een breedte van 0.32 m. In dat jaar werd dat vervangen door een gesloten ijzeren scheprad. Hiermee heeft de molen nog tot 1926 gemalen. In dat jaar werd het binnenwerk uitgebroken en in de molen een dieselmotor geplaatst.
In deze periode had de molen bredere hekken en windborden dan thans en een voor een poldermolen opvallend diepe zeeg. Ook zijn in het bovenwiel nog altijd diepe sporen van de (verdwenen) bovenbonkelaar zichtbaar, ofwel: de Wippersmolen was een klein maar behoorlijk krachtig molentje. 

Na tien jaar stilstand brak in 1936 tijdens een zomerstorm één van beide roeden. Vermoedelijk was dit nog steeds een houten roede (in 1904 had de molen immers nog nieuwe gekregen).
In 1938 wilde de polder de molen verder onttakelen, maar ‘meester Blom’, destijds een bekende onderwijzer in Maassluis, richtte een comité op om de molen te behouden. Ook de burgemeesters van Maassluis en Maasland namen hierin zitting. Het lukte om voldoende geld voor restauratie bijeen te brengen, waarna de molen uitwendig gerestaureerd werd en zo als (stilstaand) monument behouden kon worden. Let wel: tot 1941 stond de molen in de gemeente Maasland, net als de in 1922 verbrande korenmolen De Arend aan de Noorddijk. Maassluis was destijds een stadje vrijwel zonder buitengebied.

Rond 1940 werd direct ten noorden van de molen de verhoogde verkeersbrug aangelegd, de eerste echt duidelijke aantasting van de omgeving. In 1951 brak wederom een roede; herstel vond in 1956 plaats met gebruikmaking van een ijzeren exemplaar, afkomstig van het in 1955 gesloopte korenmolentje van Hekelingen.

Na 1956 volgde opnieuw een periode van verval. In 1972 werd de gemeente Maassluis eigenaar en die liet hem in 1974 restaureren. Een groot deel van de kap alsmede het staartwerk werd vernieuwd en het voegwerk van de stenen romp kreeg een grondige aanpak. Ook werden twee nieuwe gelaste roeden gestoken. 

Na deze restauratie draaide de molen weer af en toe. Helaas verslechterde de windvang van de molen in de loop der jaren aanmerkelijk: de omgeving was al behoorlijk aangetast door hoogbouw en het viaduct, maar ging verder achteruit door de aanleg van het Wipperspark met onder andere populieren en andere hoogopgaande begroeiing. In 2006 verslechterde de situatie verder door de uitbreiding van een nabijgelegen schoolgebouw.

Nadat de gemeente de molen aan het Hoogheemraadschap van Delfland verkocht, volgden meerdere restauraties en herstelwerkzaamheden aan onder meer de roeden, het staartwerk, de vloeren en het molenaarshuisje.
Daarnaast werd onderzoek gedaan naar vochtproblemen in de muren, waarbij de molen zelfs als proefobject diende voor nieuwe pleisterlagen, ontwikkeld door de TU Delft.
In de jaren daarna zijn onderhoudswerkzaamheden uitgevoerd aan onder andere het kruiwerk, voegwerk, kap, staartwerk, bovenwiel en het wiekenkruis. Ook in 2017 en 2022 vonden nog omvangrijke onderhoudsbeurten plaats.

Op 20 mei 2026 vierde de molenaar op bescheiden wijze het 300-jarig bestaan van deze molen, althans: de datum van de eerstesteenlegging.