Deze molen heeft een voorganger gehad: een wipkorenmolen die op vrijwel dezelfde plaats stond, destijds de Bonaventuurse Zeedijk genoemd. Deze schermde de toen net in cultuur gebrachte polder Nieuw Bonaventura af van de Dordtse Kil. Deze wipmolen werd rond 1800 naar molenaarsfamilie De Leeuw vernoemd.
In 1837 kocht Willem Vliegenthart, zoon van een Zwijndrechtse korenmolenaar, de wipmolen voor ƒ 8300,--. In 1841 brandde deze af, waarna in 1841/42 een stenen stellingmolen werd gebouwd.
In 1853 vond uitbreiding plaats met een olieslagwerk: hiertoe werd waarschijnlijk een aparte ruimte aan de westzijde van de molen aangebracht, thans nog als pakhuis in gebruik. In 1855 kreeg Vliegenthart vergunning om de molen te voorzien van een stoommachine. Vijf jaar later krijgt hij tevens vergunning om in zijn molen een pelwerk aan te brengen. Als wind- en stoomkoren-, pel- en oliemolen heeft 't Vliegend Hert slechts één jaar mogen functioneren: in 1861 brandde hij uit.
In zijn huidige gedaante dateert deze molen van 1862/63: de uitgebrande stenen romp werd hersteld en daarbij meteen een meter verhoogd, zodat de vlucht twee meter langer kon worden. De molen werd voor een kwart eigendom van een schoonzoon van Vliegenthart en voor het andere kwart van de Dordtse bakker Moonen.
Bij de brand van 1861 zijn oliewerk en stoommachine vermoedelijk gespaard, het pelwerk niet. Na de herbouw richt Vliegenthart het geheel in als een 'op Amerikaansche wijs' ingerichte bloemfabriek. De uitgebreide werktuigen omvatte een koppel Engelse- en blauwe stenen met regulateurs, graanreinigers en vier builen. Het geheel kon een wekelijkse productie draaien van 42 ton bloem. In verloop van tijd maakte de bloemfabricage vanwege afnemende winstgevendheid weer plaats voor een traditioneel korenmolenbedrijf.
Ruim een jaar later ging de met een onrendabele kolengestookte stoomketel uitgeruste molen bij publieke verkoping voor ƒ 14.000,-- inclusief molenaarshuis, tuin, schuur en erf, over aan vijf personen. Omdat "de winst uit de schoorsteen ging", werd de stoommachine als eerste weer uit de molen verwijderd.
In 1889 kwam de molen geheel in het bezit van de familie Dam. Van 1905 tot 1938 was dit Christiaan Cornelis Dam en daarna tot 1963 zijn zoon Gerrit Pieter.
Al sinds 1930 maalde Dam onderin de molen elektrisch. Evenwel liet hij, om het maalrendement te verhogen, in 1934 Dekkerwieken aanbrengen. Helaas kon deze wiekverbetering niet wedijveren met de elektromotor. In 1951 werd de windkracht buiten gebruik gesteld.
Cornelis van Heesen werd in 1956 huurder en moderniseerde de molen met elf nieuw aangebouwde graansilo's. Om de stenen molenromp tegen regeninval te beschermen, zijn op de zuidwestkant lange tijd grote geëmailleerde reclameborden aangebracht. In 1963 werd Van Heesen eigenaar.
Bij een uitvoerige restauratie van de molen eind jaren '60 waren staart, lange spruit en stelling grotendeels vemieuwd, evenals het koppel 16der kunststenen en de ophekking weer teruggebracht naar Oud-Hollands.
In 1970/71 werd de molen geheel ingericht voor mechanische bemaling met een mengketel, 100 ton extra siloruimte en een bunkerschaal. Hiertoe werd onder meer de zuidoostdeur aan de binnenzijde dichtgemetseld. De helft van de molenruimte tot aan de luizolder wordt nu ingenomen door het silocomplex van graan- en diervoederhandel van Van Heesen. Het oorspronkelijke molenhuis werd in 1969 afgebroken en vervangen door een bungalow. Temidden van alle wijzigingen bleef het spoorwiel aanwezig, evenals een maalvaardig koppel stenen.
Bij een restauratie in 1991/92 kreeg de molen nieuwe roeden. Verder werden beide spruiten, staartbalk, lange en korte schoren, kapbedekking en een flink deel van het metselwerk, vernieuwd. Helaas werd het toen al verzakte sleepkruiwerk niet hersteld, zodat kruien niet meer mogelijk was. Als gevolg draaide de molen vrijwel niet.
Uiteindelijk werd de maalderij in de molen opgeheven: Van Heesen verkocht de molen aan de 's-Gravendeelse woningstichting die de bijgebouwen twee appartementen wilde laten bouwen en in de molen een winkeltje vestigen. In 2008 werd hiervoor ƒ 80.000,-- subsidie toegekend en een restauratieplan opgesteld. Helaas: als gevolg van de kredietcrisis werden daarna alle bouwplannen voor onbepaalde tijd opgeschort.
Ondertussen moest aan de molen zelf het nodige gebeuren, zoals kruivaardig maken, vernieuwing delen van de stelling, ramen en deuren en herstelwerk aan het wiekenkruis.
Met dit werk, dat financieel mogelijk werd gemaakt door de (eerder vermelde) subsidie door de RCE en bijdragen van de provincie en gemeente is in januari 2011 begonnen. In december dat jaar kwam het werk gereed: reparaties aan gevlucht, staartwerk, stelling, kapbedekking, vloeren en algeheel herstel van het kruiwerk.
Door de verwikkelingen rond molen en bijgebouwen kon hier niet regelmatig worden gedraaid of gemalen: vanaf december 2011 tot in 2013 ging het wiekenkruis slechts af en toe rond en was bezoek sporadisch mogelijk, onder meer tijdens de Molendag Hoekse Waard.
Halverwege 2013 ontstond er duidelijkheid: de bijgebouwen werden in juni 2013 verkocht aan een particulier, die ze als bedrijfspand in gebruik heeft genomen. De molen zelf is op 31 maart 2014 door de Stichting Molens Binnenmaas gekocht van de corporatie HW Wonen. Daarna werden diverse werkzaamheden voorzien.
Niet lang daarna werd de eerste fase van de herstelwerkzaamheden grotendeels uitgevoerd en kon de molen op 27 augustus 2014, tijdens de traditionele feestweek van 's Gravendeel, officieel in gebruik worden genomen. De verrichte werkzaamheden bestonden voornamelijk uit molenmakerswerk, gericht op het in orde maken van de draai- en maalvaardigheid alsmede het treffen van de nodige voorzieningen voor de veiligheid van vrijwilligers en bezoekers. In het voorjaar van 2015 volgde herstel aan de molenromp.
In het voorjaar van 2022 volgde stilzetting van de molen: beide roeden werden niet betrouwbaar meer bevonden. Op dat moment was molenland-Nederland al in rep en roer vanwege vele meldingen van slechte roeden. Nieuwe roeden waren spoedig besteld maar, vanwege de vele te vervangen roeden, niet meteen leverbaar.
In de loop van 2023 werden de roeden kaalgezet, strijken volgde op 19 februari 2024. Direct daarna werden beide nieuwe roeden gestoken. Deze zijn weer voorzien van het Dekkersysteem, met hier als nieuwigheid dat de stroomlijnplaten niet op houten, maar aluminium schinkels zijn aangebracht.
De reconstructie van het Dekkersysteem viel samen met een groter plan, namelijk om de molen en de aanbouwen en het binnenwerk terug te brengen tot de situatie dat er al machinaal werd gemalen maar de windmolen ook nog werd gebruikt.
Op 21 augustus 2024 werd de molen officieel in gebruik gesteld.
