Het oorspronkelijke bouwjaar van een molen op deze plaats is niet bekend. Rond 1800 moet ter plekke al een spinnekop verhoogd zijn tot stellingmolen. Ter plaatse was een bemalingswerktuig nodig voor een oppervlakte van ongeveer 19 ha.
Omdat de onderhoudskosten hoog waren werd later een hulpmotor ingebouwd. In 1937 werd in de onderbouw een Lister dieselmotor geplaatst. Door middel van een tussenas en enkele drijfriemen zou de vijzel ook op windkracht aangedreven kunnen worden, maar dat is in de praktijk niet gebeurd.
Bij de zware storm van 18 januari 2007 raakte deze molen, die toen al geruime tijd in matige staat verkeerde, behoorlijk beschadigd: delen van de kap waaiden weg.
Enige tijd later werd de molen ter plekke tot op de onderbouw afgebroken, om in de werkplaats van de molenmaker te worden hersteld. Sommige delen, vooral de ondertoren, bleken erg slecht en dienden geheel te worden vernieuwd.
Op 13 mei 2009 werd de molen herplaatst: ondertoren, bovenhuis en roeden werden achtereenvolgens aangebracht. Op 1 april 2010 was de Groene Molen voor het eerst sinds 1937 weer in staat, op windkracht water uit te slaan. De vijzel wordt niet rechtstreeks via onderwiel en -bonkelaar aangedreven; deze wielen zijn op hun beurt weer aan te sluiten op metalen wielen met drijfriemen.
