In de vroege Middeleeuwen behoorde wat nu de Zuidpolder wordt genoemd waterstaatkundig gezien tot het noordelijk van Edam gelegen veenachtige gebied van de Zeevang. In dit gebied lag de IJe, een veenriviertje dat bij het huidige Volendam in de Zuiderzee uitstroomde en waarvan de monding als haven van Edam dienst deed.
Nadat deze haven door dichtslibbing onbruikbaar was geworden werd kort na 1357, als nieuwe uitweg naar zee, de huidige haven het Oorgat, gegraven. Hierdoor werd het zuidelijke deel van de Zeevang van de rest van het gebied afgesneden, wat later na de inpoldering tot de naam Zuidpolder zal hebben geleid. Blijkens een kaart uit 1630 lag de polder toen gemeen met de naburige polder Katwoude en was er nog geen molen aanwezig.
Het exacte bouwjaar van deze molen staat niet vast, maar waarschijnlijk is het rond 1635 geweest. Het vaak veronderstelde jaartal 1670 is vrijwel zeker niet correct, gezien de opbouw van het eiken achtkant met slechts één bintlaag. Nadien is er niets vernieuwd aan het staande werk, waardoor het zeer authentiek is. Wel zijn er, waarschijnlijk tijdens de vervijzeling, extra veldkruisen aangebracht om de constructie te versterken en achtkantstijlen aan de schepradzijde aangelast [foto 15 en 16]. Ook heeft de stutvang ooit veranderd in een Vlaamse vang, door een buikstuk aan te brengen.
Tussen 1864 en 1894 is de molen van een vijzel voorzien [foto 10 en 11]. In 1875 werd de bemaling van de polder versterkt met een stoomvijzelgemaal. In 1949 werd de capaciteit van dat laatste opgevoerd, waarna de windmolen buiten gebruik werd gesteld.
In 1962 volgde een beperkte restauratie (die de molen wel draaivaardig maakte).
In 1978 volgde veelomvattend herstel, met een maalvaardige molen als resultaat. Helaas is in diezelfde periode de omgeving van de molen, zowel door bebouwing als begroeiing, nogal slecht geworden, zodat er weinig kan worden gemalen.
De huidige, nieuw gegoten, bovenas kwam in september 1995 in de plaats van een vrij lichte Schretlen-as, waarvan op 12 december 1994 één van de ashuizen kraakte na problemen bij het doorschuiven van de roeden.
In 2014 werd de woning in de molen gerenoveerd. Hierbij werden twee ondertafelementdelen vervangen en een achtkantstijl aan de onderzijde aangelast [foto 14]. In één van de vervangen ondertafelementsdelen zat nog de uitsparing voor het lager van het oorspronkelijke scheprad. In 2015 zette men dit voort met uitgebreid herstel aan het binnenwerk maar ook kregen de kap en zes velden van het achtkant geheel nieuw riet. Hierna was nog uitvoerig herstel nodig van de waterlopen, die verkeerden namelijk in zeer matige staat. In augustus 2017 kon de molen weer water uitslaan.
In mei 2024 werden beide roeden vervangen door nieuwe.
