De naam ‘Graanmolen’ kwam reeds in het midden van de 19e eeuw in de eerste officiële inventarisatie van de watermolens in het zuidelijk arrondissement voor. Later werd hij ook de molen van Eijsden genoemd. Het was in die tijd reeds de grootste watermolen van Eijsden, die vroeger ook de banmolen van de heerlijkheid was.
De Heren van de heerlijkheid Eijsden waren in de 18e eeuw tot de Franse Tijd de graven De Geloes.
Omstreeks 1840 schijnen de goederen die tot het kasteel Eijsden behoorden, waaronder de Graanmolen, eigendom te zijn geweest van: Joseph, baron de Blanckart, wonende te Gleixhe in de gemeente Horion-Hozémont (B.), Hyacinth Richard Lamarche, koopman en rentenier wonende in Luik en Theophile, graaf de Geloes. Omstreeks 1845 vond er blijkbaar een scheiding en deling plaats en kwam de Graanmolen op naam van Hyacinth Richard Lamarche, die zich later op kasteel de Fanson in de gemeente Xhoris (B.) vestigde. Lamarche had toen in Eijsden ongeveer 80 bezittingen, waaronder het kasteel.
Van 15 maart 1814 tot zijn dood op 13 september 1836 was Pieter van Haeren pachter. Hij betaalde ƒ 840,-- pachtgeld per jaar en 400 gulden smeergeld (pour pot de vin), hetgeen staat aangetekend in een register van inkomsten van Graaf de Geloes.
Na Pieters dood wordt op 10-10-1837 de pacht overgenomen door zijn schoonzoon Nicolaas Etienne Stephanus Hardy, afkomstig van Hermalle (provincie Luik), voor een jaarlijks bedrag van Bf. 1903,50. Nicolaas bleef pachter tot zijn dood op 2-11-1860. Hierna zette zijn vrouw Clara Donnee van Haeren het bedrijf voort tot 1870.
Eigenaar Lamarche liet in 1857 de watermolen, die kennelijk in bouwvallige staat verkeerde, afbreken en herbouwen. Tot de molen behoorden een huis en stallen. Het waterrad van de afgebroken molen had een middellijn van slechts 2,80 m., de breedte daarentegen bedroeg 1,20 m. Het waterrad werkte als onderslagrad en had naar de waterstraal toe geknikte schoepen; de kransbreedte van de schoepen bedroeg 0,32 m.
In 1878 verkocht Lamarche de goederen die hij in Eijsden bezat, waaronder de Graanmolen en het kasteel met hun aanhorigheden, aan Rene en Etienne, graven de Geloes, en Marie, gravin de Geloes, die toen nog minderjarig waren. Na het overlijden van de douairiere Blanche Ernestine Charlotte Marie Josephe de Geloes, geboren gravin de Lannoy, vererfde de molen in 1937 aan Rasse Raphaël Emile, graaf de Liedekerke de Pailhe, wonende in Eijsden. In 1977 gaat de watermolen in eigendom over op hun zoon Marcel, graaf de Liedekerke de Pailhe.
In 1978 verkocht graaf Marcel de molen met huis, stallen, erf en boomgaard aan het echtpaar Rutten-Beyers. De ouders van die laatste waren pachtten reeds sinds 1923 de molen met aanhorigheden. Het bedrijf, dat werd uitgeoefend, bestond uit een maal-, boeren- en fruitteeltbedrijf.
In 1983 ging het eigendom van de molen met de hiervoor genoemde bedrijven over op zoon Theodoor Hubert Jozef. Vooral het fruitteeltbedrijf neemt tegenwoordig een belangrijke plaats in.
Het molengebouw wordt gekenmerkt door de forse afmetingen. Het is gebouwd van baksteen met mergelsteen langs het waterrad en heeft twee verdiepingen en nog een zolder onder het pannen-zadeldak.
Reeds vóór de eeuwwisseling werd in de molen een gietijzeren gangwerk geplaatst en een plaatijzeren waterrad gehangen met een middellijn van 3,58 m. en een breedte van 1,76 m, dat als middenslagrad werkte. Dit rad voldeed blijkbaar niet. Op een oude afbeelding vertoont dit waterrad een grote gelijkenis met een bovenslagrad. Later werd het vervangen door een smaller ijzeren kroprad met een aangepaste schoepvorm. Dit waterrad heeft een middellijn van 4 m. en een breedte van 0,9 m.
Merkwaardig is de constructie van het ijzeren gangwerk, dat afwijkt van de in de Limburgse watermolens veelvuldig voorkomende uitvoering. Het meeste komt een directe aandrijving van de koningspil door een groot conisch tandwiel voor, het aswiel genaamd, zoals in de Mescher- en in de Muggemolen. In de Graanmolen is het aswiel een groot recht tandwiel met houten tanden dat een tussenas aandrijft. Deze tussenas drijft vervolgens met een conische tandwieloverbrenging de koningspil met het spoorwiel aan, waaromheen de drie koppels maalstenen liggen.
De houten steenbedding wordt ondersteund door een maalstoel van gietijzeren kolommen waarin het gangwerk staat. Onder elk koppel stenen staan zoals gebruikelijk twee kolommen, waartussen de brug is geklemd, die de taatspot van de steenspil en de steenlicht draagt.
De molen is ingericht voor het malen van brood- en voergraan. Voor het malen van tarwe werd een koppel 15der Franse stenen gebruikt, voor het malen van bakrogge en voergraan een koppel 16der kunststenen.
Het linkerkoppel heeft ook een elektrische aandrijving. Het drijfwerk bestaat uit een aandrijfas, waarop een elektromotor van 11 kW (15 PK) met een riem is aangesloten en een conische tandwieloverbrenging op de steenspil.
De watermolen werd na de jaren '50 praktisch niet meer gebruikt. Het gebouw en de waterwerken geraakten daarna in slechte staat. Na een betrekkelijk lange voorbereiding kon in 1975 een begin met de restauratie worden gemaakt, die door het Aannemingsbedrijf Vic Laudy uit Sittard in fasen werd uitgevoerd.
De waterwerken met de sluizen en het dak met de windveren werden vernieuwd. Het waterrad en de molenwerken werden hersteld. Het metselwerk werd opnieuw gevoegd en de vensters, luiken en deuren werden geverfd. Begin 1980 verkeerde de molen weer in goede staat.
