De (Nieuwe) Zilkerpolder werd gesticht op 10 februari 1674, nadat er eerder elders al twee kleine molens stonden (Tenbruggencatenummer 16308 en Tenbruggencatenummer 16309) en na enkele jaren van geharrewar tussen de hooggelegen en laaggelegen ingelanden en de natte zomer van 1673. De poldermolen stond aan de zuidzijde van de Schulpvaart en loosde daardoor op de Trekvaart.
In 1922 werd de molen vervijzeld, molenaar was van 5 mei 1908 tot 1927 Wilhelmus Langeveld. Per 8 januari 1927 werd Klaas Koomen aangesteld.
In 1927 werden de wieken buiten dienst gesteld en kwam in de molen een eencilinder Kromhout ruwoliemotor. Vereniging De Hollandsche Molen schreef op 2 augustus 1928 in een brief aan het polderbestuur dat het voordeliger was om de windmolen te blijven gebruiken naast de motor die geplaatst was, vanwege besparing op onderhoud en brandstof. De polder vroeg DHM daarop om een jaarlijkse bijdrage van ƒ 120 voor onderhoud van kap en wieken, kruien was al niet meer mogelijk, maar kreeg die niet. Daarop werd de kap gesloopt en de romp voorzien van een plat dak, welk werk op 1 maart 1929 klaar moest zijn.
Machinist H. Smit kreeg vanaf 1935 10 % salarisverlaging omdat een machinist minder werk had dan een molenaar, Smit zegde per 1 oktober 1945 zijn betrekking op. Vanaf 15 september 1945 werd opvolger J.C. Romijn door Smit ingewerkt.
Door blikseminslag vloog de motor op 24 september 1945 om halfdrie 's middags in brand, en "er viel niets meer aan te redden". De molen van de Hoogeveense polder nam tijdelijk de bemaling over, in 1946 werd een elektrisch gemaal geplaatst. Dat verbrandde in 1947 en werd weer herbouwd. Op 30 december 1948 droeg de polder het oude molenerf over aan P.M. de Groot, daarna zijn de restanten van de molen verdwenen bij de aanleg van bollenland.
Bron: Malen in de Zilkerpolder, art. door Piet de Boer in Terra Salica, 2005 nr. 2. Stichting Genootschap "OUD de ZILCK ".
Volgens Ten Bruggencate stond de molen onder Noordwijkerhout, maar dat is onjuist, hij stond onder Lisse. De bemalen polder lag wel grotendeels in Noordwijkerhout.
