1806: Aan de Stink- of Slaaghsloot stonden vóór 1806 enkele kleine molens die voor zowel de bemaling van de polder als voor het verversen van de Leidse stadsgrachten zorgden. In 1806 werd een nieuwe, grotere molen gebouwd, die op zijn beurt in 1856 werd vervangen door de ronde stenen molen. P. Kapteijn bouwde de molen voor ƒ 5000.
1965: Al in 1965 werd in het Zuid-Hollands molenboek melding gemaakt van de slechte staat van het metselwerk. De molen was toen echter nog regelmatig in bedrijf. Eind 1970-er jaren stond hij er zò slecht bij dat er geen andere oplossing restte dan de molen geheel af te breken en opnieuw op te bouwen.
Het woongedeelte, dat al zeer lang in onbruik was, is bij de herbouw niet meer hersteld. Tot 1979 had de molen imitatie-fokken (soms foutief half-verdekkerd genoemd); die waren door het verval echter vrijwel verdwenen.
De naam Stinksloot is niet ten onrechte. Vroeger stond daar het belangrijkste rioolgemaal van Leiden (thans een zuiveringsinstallatie). Het molenaarshuisje werd ca. 1948 gebouwd omdat molenaar Merbis min of meer de molen uitstonk!
Van de oude molen bleven voeghouten, bovenas, bovenwiel en -schijf, koningspil, onderschijf, wateras en sintelstukken van het scheprad over. Van het oorspronkelijke metselwerk bleven alleen de waterlopen en een binnenmuur over. Het oude onderwiel bleef bewaard maar werd in tweede instantie alsnog afgekeurd en vervangen.
Op de onderste foto is te zien wat er in 1980, na afbraak van de romp, nog over was van de Stadsmolen: uiterst links zijn twee sintelstukken te zien, de tussenmuur staat nog en rechts (ingepakt) het onderwiel.
