Deze molen werd in 1627 gebouwd ter bemaling van de polder Nieuw Groenendijk.
Sinds een grote ruilverkaveling, die eindigde in 1970, zijn enige polders samengevoegd en is nu sprake van een grote polder Groenendijk, bestaande uit de voormalige polders Nieuw-Groenendijk, de Oude-Groenendijkse en Barrepolder en de Bent- en Delft- of Generalepolder.
Dat deze wipmolen er nog staat, is niet vanzelfsprekend geweest: in de 19e eeuw werd diverse malen overwogen de molen - die toen nogal eens gebreken vertoonde - te vervangen door een nieuw stenen exemplaar (die dan tevens de Oude Groenendijkse (Barre)polder zou moeten bemalen. De diverse plannen kwamen echter nooit ten uitvoer: steeds volstond men met herstel. Soms was dat ingrijpend: zo vernieuwde molenmaker C. Boers uit Hazerswoude in 1884 het gehele bovenhuis.
Tot 1911 werd de molen bewoond; in dat jaar werd de naastgelegen molenaarswoning in gebruik genomen.
In 1939 kreeg deze vanouds met een buitenscheprad uitgeruste molen een schroefpomp en op beide roeden het zgn. 'Half-Verdekkerd' wieksysteem (wat te beschouwen is als Oud-Hollands met een stroomlijnneus aan de achterzijde).
De vloer in de ondertoren ligt sinds 1939 ca. 0,85 meter hoger dan oorspronkelijk omdat het vliegwiel eronder moest worden aangebracht. Vermoedelijk is toen ook het bovenhuis geel geverfd; daarvoor was dit grijsgroen.
De molen bleef tot 1959 voor de bemaling in bedrijf, daarna plaatste men buiten de molen een motor die de schroefpomp aandreef.
Kort na de aankoop door de Rijnlandse Molenstichting, 1966, werd de inmiddels al behoorlijk vervallen molen grondig gerestaureerd. Hierbij werd de halve verdekkering verwijderd (in 1975 kwam men hierop terug).
In 1999 was een nieuwe grote restauratie nodig; hierbij werden onder meer beide roeden vervangen. Ook heeft men toen de uitmaalmogelijkheid sterk verbeterd: al jaren kon de molen maar beperkt uitmalen, omdat de boezemsloot via een te nauwe duiker uitkwam in de Oude Rijn. Inmiddels zijn in die sloot twee afsluitbare duikers aangebracht waardoor de uitmaalcapaciteit duidelijk is verbeterd. Tevens kan door middel van een instelbare overstort circuitbemaling worden toegepast.
Anno 2008 waren er serieuze plannen om tot kort op de molen woningen te bouwen en een bedrijventerrein aan te leggen. Dit in het gebied tussen de N11 en de Oude Rijn, tussen Zoeterwoude- en Hazerswoude-Rijndijk. Daarmee zal de polder wederom aanzienlijk kleiner worden en vermoedelijk ook de boezemkade verlegd. Mogelijk dreigt voor deze molen - de zoveelste in Rijnland - overplaatsing. Tot op heden is in deze echter niets gebeurd wat de molen in zijn voortbestaan bedreigt.
