Deze polder kende van 1363 tot 1564 een gezamenlijke afwatering met de Zuidzijderpolder te Bodegraven op de Hollandse IJssel, sinds 1480 met een molen en 1529 met een boezemmolen. Na 1564 werd een molen op de huidige plaats gebouwd; deze is afgebrand op oudejaarsnacht 1672 door plunderende terugtrekkende Franse troepen en herbouwd in 1674.
De molen had tot 1938 een scheprad; in dat jaar werd de molen vervijzeld. In verband hiermee werden de schaarstijlen verwijderd en kwamen er trekstangen om de kokerbalken. Het wiekenkruis werd voorzien van het systeem Dekker.
De toen aangebrachte onder- en vijzelwielen zijn zeer waarschijnlijk afkomstig van een gesloopte Schermermolen, dit gezien de uitvoering en de karakteristieke kamverhouding 27/31.
Door schaalvergroting kwam de Weijpoortse Polder onder het bestuur van het Groot Waterschap van Woerden. In 1975 werd de windbemaling van de polder overgenomen door het gemaal van de aangrenzende polder Lange Weide.
Bij de grote restauratie van 1994/'95 is de overbrenging van de vijzel iets gewijzigd door het aanbrengen van een ander onderwiel. In april 2007 werd het bovenwiel uitgenomen voor een grondige herstelbeurt, in juli is het herplaatst.
In 2023 is duidelijk geworden dat nieuw ingrijpend herstel nodig is: door onder- en zijloopsheid ontstonden gaten in de molenwerf en als gevolg heeft men de voorwaterloop afgedamd. De molen is, in afwachting van restauratie van de waterlopen, funderingsherstel én een nieuwe vijzel voorlopig alleen draaivaardig.
Los hiervan heeft de toren in 2023 een nieuw rietdek gekregen en is de constructie versterkt door onder meer het aanbrengen van vier met elkaar verbonden trekstangen rondom de toren ter hoogte van de middelste mantelbalken.
De woning in de ondertoren: reeds in 1909 werd die afgekeurd; in 1910 bouwde men daarom naast de molen een nieuwe woning. Dat werk werd verricht door Johan de Hoog uit Driebruggen.
In 1938, bij de vervijzeling, verbouwde aannemer Floris Boer alles zodanig dat van de oude woning in de ondertoren vrijwel niets overbleef.
In 2005 begonnen de vrijwillige molenaars met de reconstructie van de molenaarswoning; zo werd op de oorspronkelijke plek een bedstede gereconstrueerd. Alles deed men zo zorgvuldig mogelijk met materialen en in kleuren zoals tussen ± 1850 en 1910. Het resultaat: de ondertoren ziet er van binnen weer prachtig uit en zo goed als oud.
