De Noordermolen is een zeer waarschijnlijk in 1589 gebouwd, maar zijn geschiedenis is ouder: al kort voor 1544 was het gebied van deze polder van de Schermer afgekaad en onder bemaling gebracht. De Spaanse legerbenden die deze streken doortrokken om in 1573 Alkmaar te belegeren, hebben naast veel andere gebouwen ook de twee hier aanwezige molens vernield.
Nadat de uitwateringssluis na hun aftocht was herbouwd en de sluistochten waren verruimd, bleek toch weer behoefte aan bemaling. Bij besluit van 13 oktober 1588 verklaarden de Staten dat de oprichting van twee achtkante molens nodig was en dat hiervoor toestemming werd verleend.
Vrij spoedig hierna moet met de uitvoering van de plannen zijn begonnen. Al in het daarop volgende jaar werd te kennen gegeven dat de molens waren geplaatst en in de zomer van 1591 verzochten de molenmeesters van de twee poldermolens voor de polder van Limmen, Bakkum en Akersloot om de algemene rekening van de oprichting te mogen doen.
Na de droogmaking van de grote meren konden de beide molens als gevolg van de hieruit voortvloeiende hogere opmaling en de verminderde lozing van de sluis de polder op zeker moment niet meer voldoende op peil houden.
Bij octrooi van 14 maart 1651 werd daarom door de Staten vergunning verleend om nog een derde molen te bouwen. Evenwel zijn echter geen aanwijzingen dat deze derde molen ook inderdaad is gebouwd: op een in 1680 verschenen kaart staat hij in elk geval niet aangegeven.
Zo werd de polder bemalen door twee molens, De Noorder- en De Zuidermolen, welke laatste in 1863 nog met een scheprad werkte. Op de plaats van deze molen werd in 1879 een stoomvijzelgemaal gebouwd, dat in 1919 is geëlektrificeerd. Aldus kwam de Zuidermolen te vervallen. De Noordermolen bleef evenwel nog tientallen jaren in bedrijf.
De Noordermolen is inmiddels formeel buiten bedrijf, maar maalt nog regelmatig. Dat wil zeggen: in de zomer van 2010 was de vijzel in dusdanige staat, dat deze niet meer als maalvaardig te beschouwen was. In september 2012 is de vijzel uitgenomen en op de kant gezet. Het hout was slecht en door het lagere waterpeil kon niet genoeg water meer worden uitgeslagen. Afgesproken werd dat het nieuwe exemplaar 80 centimeter langer zou worden; de diameter bleef 250 centimeter. Eind 2014 is de geheel herstelde vijzel aangebracht, waarmee deze molen weer maalvaardig was. Let wel: dit is een viergangige vijzel, die - mits met voldoende tasting - enorm veel water kan verzetten.
Constructie
Het eiken achtkant staat op twee aan twee evenwijdig geplaatste penanten en is in de loop der tijd verstijfd met een extra veldkruis per veld. Opmerkelijk is dat de uiteinden van de oorspronkelijke veldkruisen in elkaar zijn gewerkt. Boventafelement, rolvloer, kuip en kap zijn al eens vernieuwd (eerste helft 19de eeuw?). Sporen van kruikrammen of een hangelier zijn niet te vinden. Hieruit mag worden afgeleid dat, bij de vernieuwing van de kap, de molen in een buitenkruier is veranderd en voorzien van een staart, waarmee de huidige verschijningsvorm werd verkregen.
In de jaren '70 en '80 van de 20ste eeuw was de molen uitgerust met een vangtrommel, dit op verzoek van toenmalig molenaar Kees Borst, wiens 'geboortemolen', de Zelden van Passe te Zoeterwoude, een vangtrommel heeft. Inmiddels is er weer een vangstok.
