Reeds in 1407 zou ter plekke een molen hebben gestaan, die in 1585 werd aangekocht door het stadsbestuur, welke ook eigenaar blijft van de huidige molen tot 1878. In 1668 wordt door Gerrit Cente Palestijn een stenen molen gebouwd, die op zijn beurt in 1790 vervangen werd door de huidige molen.
Op 8 september 1797 brandde de molen uit en werd vlak daarna hersteld door Jan van der Mey.
De huidige molen had behalve een aantal standerdmolens ook een vergelijkbare molen als voorganger. Deze stellingmolen uit 1688 werd in 1788 gesloopt wegens bouwvalligheid. Aansluitend werd de huidige Aeolus gebouwd.
De molen heeft begin 20ste eeuw korte tijd zelfzwichting op beide roeden gehad. Na een windhoos in 1904 verdween deze van één roede, niet lang daarna ook van de andere. In de 19e eeuw is de molen - evenals een aantal andere industriemolens in Vlaardingen - ook in bedrijf geweest als rijstpelmolen.
Een gedeelte van de begane grond en de eerste verdieping zijn tot in het begin van de twintigste eeuw bewoond geweest. Laatste bewoner was molenaar Terlaak met zijn gezin. Nadat de bliksem was ingeslagen en een aantal personen daarbij gewond geraakt, wilde de vrouw van de molenaar niet langer in de molen wonen.
In 1915 werd de molen geheel onttakeld tot kale romp, in 1956 volgde rehabilitatie met het gaandewerk uit de korenmolen "Windlust" te Wateringen en de bovenas van de in 1953 gesloopte Nieuwe Molen van de polder Berkel. Inmiddels is ook bekend dat de molen al in 1846 een gietijzeren bovenas kreeg, een Nolet. Aan te nemen is dat deze in 1915 is verdwenen.
In de late jaren '90 van de 20ste eeuw werd deze molen door de gemeente verkocht aan de fa. Boekestijn, die de molen reeds gedurende jaren huurde en in bedrijf had. Helaas kwam alles door het veel te vroege overlijden van Niek Boekestijn jr. het maalbedrijf weer tot stilstand. De Aeolus werd vervolgens weer terugverkocht aan de gemeente. Later, 2009, volgde overdracht aan een speciaal voor deze molen opgerichte stichting.
In 2004/05 heeft men ingrijpend herstel aan het metselwerk uitgevoerd. In juli 2005 kon de molen weer draaien. In 2012 werd het Engels kruiwerk grotendeels vernieuwd; dit gold ook de vulstukken rond de bovenas: de oude bleken door ongedierte deels weggevreten!
De molen draait zeer regelmatig en er wordt ook gemalen, dat wil zeggen: de twee koppel elektrisch aangedreven stenen zijn zeer regelmatig in bedrijf. Het maalwerk op windkracht is echter al enige tijd niet meer maalvaardig te noemen, zo zijn enkele molenstenen gebroken. Men ging hier evenwel nadrukkelijk aan de slag om hiervoor fondsen te vinden.
In oktober 2023 won deze molen de Molenprijs, groot € 100.00,-- waarmee de kansen om het maalwerk geheel te herstellen aanzienlijk zijn vergroot.
