De molen werd oorspronkelijk in 1644 gebouwd als binnenkruier "staende omtrent de stad Leyden aen de Slagsloot buyten de Marenpoort" en is in 1693 verkocht aan de Hondsdijkse polder (425 ha.), omdat de molen (waarschijnlijk in 1485 gebouwd) aldaar op 3 juni van dat jaar was afgebrand. Molenmaker Tijs Groenland nam de klus aan voor ƒ 1065,--, maar kreeg slechts ƒ 850,-- uitbetaald, omdat hij de molen niet binnen de gestelde termijn had opgeleverd.
Op 7 juni 1898 sloeg de bliksem bij deze molen in; er ontstond evenwel geen brand. Op 8 oktober 1904 gebeurde dit opnieuw en wederom kwam molenaar Kraan met zijn gezin met de schrik vrij. Tot 1959 was de molen voor de Hondsdijkse polder in bedrijf.
In 1966 werd de Rijnlandse Molenstichting eigenaar van deze toen in matige staat verkerende molen. Restauratiepogingen ondervonden vervolgens nogal wat hindernissen: zo was de molen verzakt (en diende dus te worden rechtgezet) en in een latere fase ook onderloops. Gaandeweg ontstond ook discussie over hoe deze molen moest worden opgeleverd: als buitenkruier (naar de bestaande situatie) of als binnenkruier (wat hij tot vermoedelijk 1739 is geweest).
Vervolgens overleed in oktober 1976 molenmaker Hans van Beek, die deze restauratie op zich had genomen, op slechts 30-jarige leeftijd. Al deze tegenvallers maakten dat het tot 1981 duurde voordat de molen maalvaardig kon worden opgeleverd.
Bij deze restauratie heeft men de molen teruggerestaureerd tot binnenkruier. Zuid-Holland had op deze manier een dergelijke molen terug.
In het najaar van 2009 werd de molen stilgezet: de roeden vertoonden zowel roest- als scheurvorming en het was niet langer verantwoord om te draaien. Geruime tijd heeft de molen, overhek staand zonder windborden, moeten wachten op betere tijden.
De nieuwe Straathof-roeden werden in september 2010 gestoken. Kort daarna was deze molen weer in staat om de Hondsdijkse polder te bemalen.
In de nacht van 20 november 2014 brak in de molen brand uit, vermoedelijk in de schoorsteen. Snel ingrijpen van de brandweer heeft grote schade voorkomen.
